Wie hast Du die große Partition formatiert? Mit JFS? Das steht normal in der Installer.ini. Wenn da usejfs=1 steht, kannst mit ext2fat eh nix anfangen. Da brauchst nen passenden Reader dazu.
Die Originalfirmware liegt beim Topf im Flash. Wenn Du die aufspielst, kommt bei erkannter Platte die Frage, ob formatiert werden soll oder nicht. Wenn Du da nein sagst, bleibt die Platte, wie sie ist. E2 wiederum liegt auf der HDD, nur der Kernel wird im Flash abgelegt. Deshalb ist es essentiell, das die Platte zum booten läuft. Wird denn überhaupt sauber installiert, wenn Du ein E2 Image aufspielst? Kannst ja mal ein serielles Log von der Installation machen. Da sieht man dann mehr.