Ich habe das mal anhand der Network Interface rule getestet. Wenn bei "check" unterschiedliche Files vorgefunden werden kommt die Abfrage. In meinem Test kam keine, weil ich das backup gerade erstellt habe und auch damit wieder überschreiben will. Ob es das jetzt überschrieben hat kann ich Dir nicht sagen, würde aber keinen Sinn machen.

Du kannst aber mal mit einem FTP Programm auf die Box zugreifen und mit dem Editor prüfen ob der Inhalt der Dateien Deiner Sicherung entspricht.

Dann solltest Du aus dem Tool heraus mit reboot Box neustarten, nicht von der Kathrein aus, das entspricht einem init 6, was gnadenlos neu startet. Wenn Du von der Box aus neu startest, überschreibt E² aus dem Speicher Dateien wieder, das könnte hier dann auch der Fall sein.