Hallo,
Du könntest versuchen, Deine Anpassungen in einer "skin_user.xml" durchzuführen. So würden diese unabhängig von Änderungen in der "skin.xml" immer übernommen ...
Könnte dann nur bei einem Skinwechsel unter Umständen problematisch werden (in diesem Fall die angelegte "skin_user.xml" sicherheitshalber vorab löschen).
Grüße